Cuando estaba viendo la tabla mysql.user usando phpMyAdmin los campos Host, User y Password mostraba información diferente a la que aparece en la línea de comandos de mysql.
por ejemplo para dato en mysql.user.host en el shell de mysql aparece correctamente el porcentaje
%
mientras que el mismo dato en mysql.user.host en el phpMyAdmin aparece como
25
Revisando la estructura de la tabla mysql.user los campos mysql.user.Host y mysql.user.User tienen el cotejamiento de caracteres de utf8_bin mientras que el mysql.user.Password tiene latin1_bin.
Es por ello que lo muestra como hexadecimal por el bin del cotejamiento -supongo-.
Se arregla editando el archivo config.inc.php modificando o agregando la siguiente información.
$cfg['DisplayBinaryAsHex'] = false;