Para agregar o quitar elementos en la barra del menu de inicio de Moodle 2.9 que si ves el código fuente HTML está dentro de las etiquetas
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Ir a Administración
Ir a Administración del sitio
Ir a Apariencia
Ir a Ajustes de temas
Ir a Ítems del menú personalizado (custommenuitems)
Puede diseñar aquí un menú personalizado que los temas gráficos pueden mostrar. Cada línea consta de un texto del menú, un enlace URL (opcional), una herramienta (opcional) y un código de idioma o lista separada por comas de códigos de idiomas (opcional, para mostrar la línea solamente a usuarios del idioma seleccionado), separados por el carácter de línea vertical | (AltGr + 1). Puede especificar una estructura de submenús haciendo uso de guiones, y pueden usarse divisores añadiendo una línea de uno o más caracteres # donde lo desee. Por ejemplo:
Comunidad Moodle |http://moodle.org
-Moodle soporte gratuito|http://moodle.org/support
-Moodle desarrollo|http://moodle.org/development
–Moodle Tracker|http://tracker.moodle.org
–Moodle Documentación en Español|http://docs.moodle.org/all/es/Página_Principal
-Moodle Noticias|http://moodle.org/news
Moodle comercial
-Moodle alojamiento comercial|http://moodle.com/hosting
-Moodle soporte comercial|http://moodle.com/support