Saludos,
En estos días, me ha tocado transformar unos vídeos, y casualmente winff no tenia el formato que quería. Con lo cual he tenido que ingeniar un poco:
Instalamos el paquete
# apt-get update && apt-get install -y ffmpeg
Ahora entramos en el directorio donde tengamos todos los archivos de video y los listamos
$ ls -l *{AVI,3gp} | awk ‘{print $9}’ > listado
Ahora en el listado que es un archivo normal ejecutaremos el ffmpeg
$ for i in $(cat listado); do ffmpeg -i $i $i.formato; done
Lo dejamos correr y fuera!
Fuente: http://frikidetodounpoco.blogspot.mx/2015/08/convertir-una-lista-de-arhivos-otro.html