Como evitar los molestos caracteres que no se muestran cuando estos llevan acentos, tal y como se muestra en la siguiente figura:
Para evitar esto, se hace uso de los caracteres unicode:
\u00e1 = á
\u00e9 = é
\u00ed = í
\u00f3 = ó
\u00fa = ú
\u00c1 = Á
\u00c9 = É
\u00cd = Í
\u00d3 = Ó
\u00da = Ú
\u00f1 = ñ
\u00d1 = Ñ
Reemplazando los carateres con acento por estos, conseguimos que se visualizen correctamente en el alert o en el confirm
Fuente: https://esquinadotnet.wordpress.com/2008/05/30/mostrar-acentos-en-alert-y-confirm-en-javascript/